Mit den Abteilungen Medizincontrolling & Kodierung wird eine Brücke geschlagen zwischen Medizin und Ökonomie. Der Spitalverbund Appenzell Ausserrhoden rechnet einen Grossteil der stationären Aufenthalte mit diagnosebezogenen Fallpauschalen nach Swiss-DRG ab. In diesem Abgeltungssystem werden Spitalaufenthalte nach Diagnosen, Behandlungen und weiteren Merkmalen in medizinisch homogene Gruppen, in sogenannte  Diagnosis Related Groups (DRG) zusammengefasst. Jede dieser DRG hat eine definierte Vergütung zur Folge. Mit Hilfe der Patientenakte werden die Hauptdiagnose, Nebendiagnosen, Behandlungen und Therapien kodiert. Als weitere Klassifikationsmerkmale für die Zuordnung zu einer DRG werden unter anderem Alter, Geschlecht und Art des Spitalaustritts berücksichtigt. Die Zuweisung zu einer bestimmten DRG erfolgt über eine in der ganzen Schweiz verwendete einheitliche Software. Ziel dieses schweizweiten Systems ist die Effizienzoptimierung der Patientenversorgung.